大変お世話になります。

画像表示用htmlからのリンクですが、
ダウンロード用にディレクトリを作成し、アクセス制限をかけたいので、data3というディレクトリへのリンクを貼りたいのです。

具体的には、<!-- UP_DOWN_IN --> タグを定義付けてみましたが
生成されるhtmlには上記タグが文字列として認識されてしまいます。

質問が分かりづらいかも知れませんが、
解決策があればご教授願いたく存知ます。

何卒よろしくお願い申し上げます。

updir.phpをエディタで開いて編集してください。
以下ver2.14での行になります。
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1692,1987,3269行目に
$tmpl[$i] = str_replace("<!-- UP_TOPIC_IN -->", "$newfilelink", $tmpl[$i]);
もしくは
$tmpl[$i] = str_replace("<!-- UP_TOPIC_IN -->", "$newfilelink", $tmpl[$i]);

の行があります。
この行の下に次の内容を加えてください。

$tmpl[$i] = str_replace("<!-- UP_DOWN_IN -->", "$savefile", $tmpl[$i]);

と加えるとtemplate2.htmlの
<!-- UP_DOWN_IN -->がファイル名に置き換わります。

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htmlが書き変わるのはこれから投稿する分のみになります。
setting.phpの
//■html更新時に表示用htmlも更新する
を更新するに変更して、管理画面より更新していただくと
今までの分も変更されます。